Der Lech und seine Auwälder stellen ein letztes Refugium für viele Pflanzenarten dar, die einst in Wildflusslandschaften weit verbreitet waren. Im Naturpark wurden auf seiner Gesamtfläche von 41,38km² bisher 1.116 Pflanzenarten nachgewiesen. Das entspricht in etwa einem Drittel aller in Tirol vorkommenden Pflanzenarten. 392 Arten sind als sehr wertvoll und gefährdet eingestuft.
Durch den Schutz dieses Gebietes werden Seltenheiten der Pflanzenwelt, die ein bedeutendes Vorkommen in der Naturparkregion haben, bewahrt.